במסגרת תפיסת האקוסיסטם הייחודי של תיכון בגין, בו התיכון נתפס כחלק ממערכת רחבה יותר של גורמי ידע ודעת בסביבה, מקיים בית הספר שיתופי פעולה ענפים עם גורמים חינוכיים שונים בסביבתו.
שת"פ עם המרכז הרפואי שיבא:
קורס חשיפה לתחומים שונים בכיתה ט'.
מגמה ברמת 5 יחל לימודי ביוטק בעיר הבריאות.
קורס מע"רים מעמיק והתנדבות במגוון תחומי עניין בשיבא
קורס אורחות חיים בריאים
הרחבת דעת לפי תחומי עניין של תלמידים בשיבא
מערכי שיעורים יחודיים בתחומי המדעים.
פרויקטים במדעי המוח ועוד.
שת"פ עם בית צבי:
קורס חשיפה למגוון מקצועות הבמה בכיתה ט'
שילוב ושותפות במגמת תאטרון
שת"פ עם המרכז לחינוך סביבתי חיריה:
תהליך משותף הבונה אקטיביזם בתחום האקולוגיה והקיימות בקהילה.
אירועים משותפים
שת"פ עם אונ' בר אילן:
קורס חשיפה בתחום מדעי המוח בכיתה ט'
פרויקטים במדעי המוח במסגרת מגמת מדעי המוח
קורסים במדעי הרוח
ליווי והנחית עבודות גמר של תלמידי התיכון
שת"פ עם הקרייה האקדמית אונו:
קורסי מדריכים במגמת חנ"ג
ספורתרפיה ועוד
מכון דוידסון במכון ויצמן:
מגמת מדעי המוח
מרכז מצויינות
